Phúc âm Gioan cũng như các sách Phúc âm khác đều là tác phẩm khuyết danh.[4] Những thắc mắc về nguồn gốc của Phúc âm Gioan, nhất là về tác giả và tương quan của Phúc âm này với các Phúc âm Nhất lãm đã là chủ đề bàn cãi trong Kitô giáo xưa.[5] Chương 21, Câu 24-25 có nhắc đến người môn đệ Chúa yêu đã viết Phúc âm này "Chính môn đệ này làm chứng về những điều đó và đã viết ra. Chúng tôi biết rằng lời chứng của người ấy là xác thực. Còn có nhiều điều khác Ðức Giêsu đã làm. Nếu viết lại từng điều một, thì tôi thiết nghĩ: cả thế giới cũng không đủ chỗ chứa các sách viết ra."[6] Kể từ nửa cuối thế kỷ thứ II SCN, một truyền thống đã gán cho tác giả Phúc âm Gioan là Gioan Tông đồ nhưng sự quy kết này đã bị nghi ngờ lần đầu tiên từ năm 1820 khởi đầu với Karl Gottlieb Bretschneider về người môn đệ Chúa yêu này là ai và kể từ đó đây trở thành vấn đề được tranh luận sôi nổi.[7][8] Năm 1998, linh mục Raymond E. Brown trình bày lập trường của Ủy Ban Kinh Thánh Giáo Hoàng rằng vào năm 1907 Ủy Ban Kinh Thánh Giáo Hoàng từng tuyên bố Tông đồ Gioan là tác giả sách Phúc âm nhưng hiện nay không có lập trường Công giáo khép kín về việc xác định xác định tác giả Phúc âm Gioan hoặc các Phúc âm khác.[9]

Các học giả trong việc xác định tác giả Phúc âm Gioan dựa vào các chứng cứ ngoại tại tức truyền thống tông đồ của sách phúc âm hoặc nghiên cứu những chứng cứ nội tại, tức là chính nội dung của sách phúc âm.[10] Một cách chung ngày nay càng có nhiều tác giả cho rằng chỉ dựa vào truyền thống thì không có đủ bằng chứng thuyết phục để đồng hóa người môn đệ Chúa yêu với Gioan tông đồ[11] và các nhà chú giải thường thống nhất với nhau rằng Gioan Tông đồ không phải là người đã viết ra cuốn sách với một nền thần học cấp cao như vậy nhưng một môn đệ của ông, người môn đệ Chúa yêu đã viết ra sách phúc âm này.[12] Có thể kết luận Phúc âm Gioan được biên soạn trong nhiều giai đoạn khác nhau với nhiều tác giả khác nhau, và nhóm chịu trách nhiệm biên soạn Phúc âm này thuộc Trường phái Gioan.[13]

Chứng cứ ngoại tại

Thánh Irênê, vào cuối thế kỷ thứ II đã nói khá rõ Gioan, vị tông đồ của Đức Chúa Giêsu đã viết ra Phúc âm thứ IV, khi ngài sống ở Êphêsô. Đối với Irênê, Ngài tự giới thiệu mình là người môn đệ của Pôlycarpô, đã nói về Pôlycarpô như là một người đã có các tương quan trực tiếp với Gioan Tông đồ và các người môn đệ khác của Chúa Giêsu thì tác giả Phúc âm là con của ông Dêbêđê.[14] Eusebius dẫn chứng Pôlycarpô, Clêmentê thành Alexandria và Canon Muratori cũng xác nhận điều này.[1][14] Vì sự nổi bật của Gioan trong Phúc âm Nhất Lãm và Sách Công vụ Tông đồ, cùng với việc ông được đề cập với một tên gọi khác trong Phúc âm Gioan (Ga 21, 2) thì đây có vẻ là một kết luận hợp lý.[15] Vào thời đại này khuynh hướng gán sách phúc âm cho một trong nhóm 12 tông đồ đang rất mạnh, dù có một số người dè dặt hơn.[14]

Tuy nhiên một trong những khó khăn mà lập trường này gặp phải là không có một chứng cứ nào cho thấy thánh Gioan tông đồ đã sống ở Êphêsô vào cuối thế kỷ I.[14] Việc Irênê đồng hóa Gioan tông đồ với người môn đệ Chúa yêu thì cũng không chắc đây là Gioan con ông Dêbêđê vì thời đó tước hiệu tông đồ được hiểu theo nghĩa rộng, chính Irênê cũng gọi 72 môn đệ trong Phúc âm Luca là tông đồ.[16] Ngoài ra, mối bận tâm của Irênê về tác giả phúc âm không mang tính khoa học như ngày nay, việc ông khẳng định Gioan, môn đệ của Chúa là tác giả phúc âm thứ IV nhằm tạo uy thế cho phúc âm này được Hội Thánh đón nhận vào các sách quy điển Tân Ước[17] khi vào thời điểm cuối thế kỷ thứ II có nhiều giáo đoàn không nhìn nhận Phúc âm thứ IV là sách thánh vì các nhóm nhóm ngộ đạo thường trích dẫn tác phẩm này và ngôn ngữ khác với ba quyển phúc âm kia.[18]

Ngoài ra, Giám mục Papias có nhắc đên hai Gioan khác nhau: Gioan tông đồ và Gioan kỳ mục và tình trạng tài liệu thế kỷ thứ II-III không đủ bằng chứng chắc chắn để khẳng định Gioan tông đồ hay Gioan kỳ mục là tác giả Phúc âm thứ IV.[19]

Chứng cứ nội tại

Trong phúc âm thứ IV, không có một dấu hiệu nào cho phép khẳng định rằng tác giả là Gioan Tông đồ. Tên của vị tông đồ Gioan không hề được nhắc đến trong Phúc âm thứ IV. Các người con của ông Dêbêđê chỉ được nói đến ở Chương 21, Câu 2 và qua Phúc âm Nhất Lãm mới biết đó là Giacôbê và Gioan.[20] Phúc âm thứ IV cũng được viết bằng ngôn ngữ Hy Lạp và mang nhiều yếu tố thần học phức tạp, nên khó có thể là tác phẩm của một người xuất thân chỉ là ngư dân như Gioan Tông đồ.[21] Tuy nhiên trong Phúc âm thứ IV có một tương quan rất thân thiết giữa Phêrô và người môn đệ Chúa yêu và mối tương quan thân thiết này chỉ đến tông đồ Gioan, người luôn luôn xuất hiện chung với Phêrô trong Phúc âm Nhất Lãm (cũng như Sách Công vụ Tông đồ (Cv 3, 3-4)). Hơn nữa, người môn đệ Chúa yêu đã có mặt trong bữa tiệc ly (Ga 13, 23) và bữa tiệc này chỉ dành cho nhóm 12 tông đồ theo Phúc âm Maccô (Mc 14, 17).[22]